再次，按照政事分開、事企分開的原則，理順組成部門與下屬事業(yè)單位之間的關系。對具有經(jīng)營性質(zhì)的事業(yè)單位，則堅決予以企業(yè)化轉(zhuǎn)制，實現(xiàn)徹底脫鉤。對具有公益性質(zhì)的事業(yè)單位，則盡量以合同授權、委托關系代替行政隸屬關系。對具有行政職能的事業(yè)單位，則盡量歸還行政職能于機關。
最后，清理整頓改革組成部門自行設置的下屬機構(gòu)。根據(jù)國家審計署公布的調(diào)查數(shù)據(jù)， 截止2005年底，31個中央部門擁有下屬機構(gòu)（不含經(jīng)國務院批準的職能司局等內(nèi)設機構(gòu)和派出、分支機構(gòu)）共5074個，人員164.12萬人，也就是說平均每個部委擁有自行設置的單位163個，每個單位325人。長期不清理政府組成部門的下屬機構(gòu)，容易吞噬行政體制改革前期成果。
二、大部門體系應采取決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)的運行機制
十七大報告指出，“建立健全決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)的權力結(jié)構(gòu)與運行機制。” 2008年3月《國務院機構(gòu)改革方案說明》指出，“按照精簡統(tǒng)一效能的原則和決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)的要求，著力優(yōu)化組織機構(gòu)，規(guī)范運行機制，為全面建設小康社會提供組織保障。”2008年3月11日，中央編制部門進一步明確，“決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)，指的是政府內(nèi)部的職權配置形式和相互關系?！卑凑毡疚那笆?，決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權指的是行政決策中樞及其辦事機構(gòu)、組成部門、執(zhí)行機構(gòu)之間的職權配置與相互關系?？梢?，此處的權力三分絕不是國家權力結(jié)構(gòu)的“三分”，只是指行政權“三分”。
決策重在科學民主，執(zhí)行重在效率，監(jiān)督重在有效，因此大部門體系中的決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權各有自己的價值側(cè)重。在一定意義上，利益的劃分取決于決策，利益的實現(xiàn)取決于執(zhí)行，利益的矯正取決于監(jiān)督。利益劃分重在公平正義，利益的實現(xiàn)重在效率效能，利益的矯正重在有力有效。決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權高度合一，容易形成部門利益（特殊群體利益）實現(xiàn)的“一條龍”，容易導致公共決策（公共管理）偏離公共利益。因此，推動決策集中化、執(zhí)行專門化、監(jiān)督獨立化，探索建立決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權既相互制約又相互協(xié)調(diào)的運行機制。
關鍵是，在大部門體系中如何實現(xiàn)決策權、執(zhí)行權、監(jiān)督權的既相互制約又相互協(xié)調(diào)？
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