奧巴馬在一份聲明中說，盡管簽署這一法案，但他對于法案中有關(guān)恐怖嫌疑人關(guān)押、審訊及起訴等內(nèi)容仍“持嚴(yán)重保留意見”。

該法案規(guī)定，凡被認(rèn)為是“基地”組織及其分支成員、參與策劃或?qū)嵤γ绹u擊的嫌疑人都必須由軍方關(guān)押，但這一規(guī)定不適用于美國公民。白宮對此提出異議，稱這一規(guī)定將制約總統(tǒng)權(quán)力，并一度威脅否決該法案。迫于白宮壓力，國會(huì)對法案進(jìn)行了修正，增加了一項(xiàng)內(nèi)容，明確表示新規(guī)定不會(huì)影響聯(lián)邦調(diào)查局等執(zhí)法機(jī)構(gòu)處理他們抓獲的嫌疑人。同時(shí)總統(tǒng)也可因國家安全需要，放棄將恐怖嫌疑人交由軍方處理，而由刑事法庭審判。