原標(biāo)題：原標(biāo)題鯉魚全基因組序列精細(xì)圖譜繪制完成 覆蓋約為16.9億堿基 包含52610個(gè)功能基因 本報(bào)記者 馬愛平 日前，鯉魚全基因組序列精細(xì)圖譜已繪制完成，該基因組覆蓋約為16.9億堿基，包含52610個(gè)功能基因，功能基因數(shù)目是大多數(shù)硬骨魚類基因數(shù)目的兩倍。 這是在國家863計(jì)劃支持下，由中國水產(chǎn)科學(xué)研究院“鯉魚等功能基因組資源開發(fā)及其數(shù)據(jù)庫與網(wǎng)站構(gòu)建”課題組與國內(nèi)外合作團(tuán)隊(duì)共同完成的成果，這也是國際上首個(gè)完成全面解析的異源四倍體硬骨魚類基因組圖譜。 和近緣二倍體模式魚類斑馬魚的基因組比較，鯉魚起源于進(jìn)化歷史上的兩種二倍體祖先種雜交事件，保留了兩套祖先種的染色體和基因組，分子鐘證據(jù)表明這次基因組倍增發(fā)生在約820萬年前，是非常近的一次全基因組倍增事件。 該課題組采集了全球10個(gè)代表性鯉魚品系和野生種群的樣本，對(duì)33尾鯉魚開展了全基因組重測(cè)序研究，共挖掘獲取了18949596個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)和1694102個(gè)插入/缺失突變位點(diǎn)，首次繪制了全球鯉魚單堿基分辨率的全基因組遺傳變異圖譜。 課題組還利用全基因組多態(tài)性掃描和比較轉(zhuǎn)錄組分析手段，對(duì)表型性狀差異顯著的松浦鏡鯉和荷包紅鯉進(jìn)行了比較分析，定位了與鯉魚鱗被缺失、紅色體色等性狀相關(guān)的遺傳座位、功能基因和調(diào)控通路。 基于鯉魚全球代表性品系的遺傳變異信息，課題組構(gòu)建了含有25萬個(gè)高質(zhì)量位點(diǎn)的鯉魚高通量單核苷酸多態(tài)性基因分型芯片，在鯉魚多個(gè)品系中多態(tài)性比例達(dá)到74.06%，在常見鯉科近緣?mèng)~類物種中也有較高的多態(tài)性比例，這在鯉科魚類性狀遺傳解析和基因組選育中有廣泛可用性。 日前，課題組已開展了鯉魚性別、體色、鱗被、體型、生長、低氧適應(yīng)、抗皰疹病毒等全基因組關(guān)聯(lián)分析研究，并初步定位了一批性狀相關(guān)的重要功能基因和遺傳座位。 |
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