作為兩岸交流合作先行先試的實(shí)驗(yàn)區(qū)，平潭綜合實(shí)驗(yàn)區(qū)最吸引人之處是它獨(dú)特的“兩岸共建”開發(fā)模式。

改革開放之初，平潭即成為最早設(shè)立臺(tái)輪停泊點(diǎn)、臺(tái)胞接待站和開展對(duì)臺(tái)小額貿(mào)易的縣份之一，對(duì)臺(tái)漁工勞務(wù)輸出量居大陸縣市之首。2009年，福建省大膽提出兩岸“共同規(guī)劃、共同開發(fā)、共同經(jīng)營、共同管理、共同受益”的理念，把平潭開放開發(fā)作為海峽西岸經(jīng)濟(jì)區(qū)建設(shè)的重要抓手和戰(zhàn)略突破口。為此，福建省成立了以省長為組長的領(lǐng)導(dǎo)小組，設(shè)立了平潭綜合實(shí)驗(yàn)區(qū)黨工委、管委會(huì)，作為省委、省政府的派出機(jī)構(gòu)，并賦予其設(shè)區(qū)市及部分省級(jí)經(jīng)濟(jì)管理權(quán)限，向境內(nèi)外公開選拔管委會(huì)領(lǐng)導(dǎo)成員，按大部門制組建機(jī)構(gòu)，實(shí)行扁平化運(yùn)作。

同時(shí)，積極探索體現(xiàn)兩岸“五個(gè)共同”的具體途徑和形式。在機(jī)構(gòu)上，成立了由兩岸產(chǎn)業(yè)團(tuán)體、研究機(jī)構(gòu)、文教社團(tuán)的代表和知名企業(yè)家、專家學(xué)者等組成的“促進(jìn)平潭開放開發(fā)顧問團(tuán)”，作為民間性議事咨詢機(jī)構(gòu)，聽取和吸納臺(tái)灣各界的意愿和設(shè)想；在共同規(guī)劃上，由臺(tái)灣中興工程顧問公司領(lǐng)銜、國內(nèi)規(guī)劃機(jī)構(gòu)共同參與編制《平潭綜合實(shí)驗(yàn)區(qū)總體發(fā)展規(guī)劃》，并廣泛吸收臺(tái)灣企業(yè)、團(tuán)體和有關(guān)人士的意見；在共同開發(fā)、共同經(jīng)營、共同受益上，制定了鼓勵(lì)臺(tái)灣各類營建機(jī)構(gòu)組成獨(dú)資、合資或合作開發(fā)主體，參與基礎(chǔ)設(shè)施、文教衛(wèi)生設(shè)施建設(shè)的有關(guān)政策措施。