在長汀，廈大校址位于北山麓文廟、萬壽宮一帶，與長汀中學校舍緊密相連。當時的條件是艱苦的，學校以長汀文廟為辦公場所，借一座破樓做女生宿舍，租長汀飯店給教授安身棲息。薩本棟一家住在倉頡廟，僅臥室和飯廳兩間。

為了解決同學們的肚子問題，薩本棟跑政府、求富戶，派人到產糧區(qū)采購糙米，總算讓同學們吃上糙米飯，給學生提供早餐配黃豆、中餐配青菜的食譜。長汀沒有電，薩校長將政府配給自己的小汽車上的發(fā)動機卸下來發(fā)電，向教室和閱覽室供電。教材不夠，學生輪流閱讀。中文類的教材干脆讓學生自己抄上一遍，以強化記憶。學生可以申請戰(zhàn)區(qū)學生貸金，每月8元，畢業(yè)后就業(yè)時清還。薩本棟把學生介紹到校外兼職工作，解決他們的燃眉之急。

政府經常不能及時撥下經費，薩本棟率先執(zhí)行減薪，按三至五成支領校長薪俸。為節(jié)省經費，規(guī)定領導和教授不得安插自己的親屬在學校工作。薩本棟帶頭遵守規(guī)定，讓太太擔任完全義務性質的女生指導員，不領一分薪酬。

1938年5月10日凌晨，日軍大舉進攻廈門，從五通浦口登陸。此后，日軍飛機三天兩頭飛到長汀轟炸騷擾。為了使損失降到最低，當局在北山設警報臺，掛一個紅球預報遠處有敵機，掛兩個紅球表示敵機臨近。

當時廈大的防空洞就開鑿在校園的后山，青年校長薩本棟總是站在洞口指揮師生，自己最后一個進洞。洞小人多，又沒有通風設備，薩本棟指揮洞口和洞內深處的師生不斷地換位，以分享洞口的新鮮空氣，防止有人昏倒。

當時政府高呼“十萬青年十萬軍”，號召青年從軍，廈門大學百名學生報名從軍，并迅速組織成立“國立廈門大學學生救國服務團”等各種文化社會團體，各種定期不定期的報紙、刊物圍繞“抗日救國”的主題競相出版，使得長汀的文化活動異?；钴S。民間抗戰(zhàn)團體“長汀縣抗日后援會”公舉薩本棟為名譽會長，吸收大量廈大學生入會。

廈大中文學會主編《巨圖》、廈大戰(zhàn)時后方服務團出版《唯力》、廈大校友總會出版《廈大通訊》、抗日后援會出版《戰(zhàn)聲》，師生們在這些期刊發(fā)表慷慨激昂的作品，大聲疾呼全民抗戰(zhàn)。

抵達長汀兩年后，廈門大學添建了同安堂和嘉庚堂兩座教室，有了山麓中的萬壽宮做圖書館，修了一座民房為四年級的男生宿舍……廈大校區(qū)逐漸連片，占地60畝，看上去有半個長汀城。